La guerre entre la cité Zion et les machines dure depuis des années mais certaine personne ont entendu parler d'une prophétie selon laquelle un jeune homme allé arriver et les aidé à combattre les machine et le nomme l'élue. Certain par contre son sceptique sur cette fameuse prophétie.
Un Capitaine de vaisseau et a la recherche avec son équipage de l'élue. Il est considérais comme fou par les autres capitaines. Mais étant sur de lui il continue ces recherche jusqu'au jour un jeune pirate et a la recherche d'information sur lui ainsi que sur la matrice. Avec son équipage il va surveiller se pirate quand il et certain que c'est l'élue.
Peut de temps âpres il le libère des machines et de la matrice. C'est ainsi que Néo parfaire son entrainement en ars martiaux. Selon lui n'est pas l'élue mais il se laisse presque convaincre pas son capitaine.
Il finit par commencé par réalisé qu'il est bien l'élue grâce a ses amie et a la femme de qui il tombe amoureux. Il se bas donc au coté de Morpheus dans le Nebuchadnezzar.
Locke le chef de la sécurité dans la cité n'est pas fou de joie de voir ce nouveau venu considéré par tous comme un sauveur. Mais il ne peut aller contre le conseil.
Néo est âprement l'élue certain capitaine en son maintenant convaincu mais d'autre reste septique. Mais ayant l’appui du conseille Hamann très ose s'interposé.
C'est la que....